Dépenses de personnel CIR : qui valoriser, qui exclure, et comment sécuriser le poste le plus stratégique de votre dossier

Pourquoi les dépenses de personnel sont le poste le plus stratégique d’un dossier CIR

Les dépenses de personnel représentent en moyenne 50 % des dépenses déclarées au CIR. C’est le poste le plus important, et donc le plus regardé par l’administration fiscale et l’expert MESR en cas de contrôle.

Une mauvaise qualification d’un collaborateur, un rattachement incomplet d’un dirigeant, l’inclusion erronée d’un profil de soutien : chacune de ces fragilités peut entraîner un redressement significatif, parfois supérieur à la moitié de l’assiette déclarée.

L’enjeu pour les dirigeants est donc double :

• bien identifier les profils éligibles selon les catégories définies par la doctrine,
• bien justifier la qualification, les compétences, l’adéquation aux travaux exposés et le rôle précis de chaque personne sur chaque opération de recherche.

Ces deux exigences sont cumulatives. Une compétence sans rattachement précis aux opérations de R&D ne suffit pas. Un rattachement aux opérations sans qualification reconnue non plus.

Voici le panorama complet des profils éligibles, des règles d’inclusion et des exclusions à connaître.

1. Les chercheurs : le cœur de l’assiette CIR

Les chercheurs sont les scientifiques ou les ingénieurs qui travaillent à la création de connaissances sur des produits, des procédés, des méthodes ou des systèmes nouveaux. La qualification de chercheur : trois voies d’éligibilité:

Voie 1 : Le diplôme

La qualité de scientifique est reconnue aux titulaires d’un diplôme de niveau master au minimum, ou d’un diplôme équivalent.

Voie 2: Le doctorat en cours

Les doctorants salariés par l’entreprise sont inclus dans la catégorie des chercheurs.

Voie 3: L’assimilation à un ingénieur par l’expérience

Sont assimilés à des ingénieurs les salariés ou les dirigeants non-salariés qui, sans remplir les conditions de diplôme, ont acquis cette qualification au sein de leur entreprise.

Évolution doctrinale importante : il n’est plus exigé que la qualification d’ingénieur acquise par expérience professionnelle ait fait l’objet d’une reconnaissance expresse par l’entreprise.

Pour qu’une personne soit considérée comme un chercheur « assimilé aux ingénieurs », deux conditions cumulatives doivent être réunies :

1. elle est directement et exclusivement affectée aux opérations de recherche,
2. elle a acquis au sein de l’entreprise des compétences l’assimilant, par le niveau et la nature de ses activités, aux ingénieurs impliqués dans les travaux de recherche.

Cette voie ouvre l’éligibilité à de nombreux profils auto-formés, autodidactes ou issus de parcours non académiques classiques, à condition de documenter rigoureusement le niveau et la nature des activités.

2. Les techniciens de recherche : le soutien technique indispensable

Les techniciens de recherche sont des personnes qui travaillent en étroite collaboration avec des chercheurs pour assurer le soutien technique indispensable aux travaux de R&D.

2.1. Les missions définies par l’instruction fiscale

L’instruction fiscale définit précisément le niveau de prestation attendu d’un technicien de recherche. Il réalise notamment :

• la préparation des substances, des matériaux et des appareils pour la réalisation d’expériences,
• l’assistance des chercheurs pendant le déroulement des expériences, ou l’exécution des expériences sous le contrôle des chercheurs,
• l’entretien et la surveillance du fonctionnement des appareils et équipements nécessaires à la R&D.

2.2. Ce qui caractérise un technicien éligible

Quelle que soit leur qualification formelle, les techniciens de recherche exécutent, en étroite collaboration avec le chercheur et sous son contrôle, des tâches nécessaires à l’exécution des travaux de recherche et développement.

Ce qui les rend indispensables au bon déroulement de ces travaux : leur technicité, leur expérience ou leur savoir-faire pratique.

2.3. Les profils assimilés aux techniciens

Deux catégories sont expressément assimilées aux techniciens de recherche :

• Les stagiaires qui remplissent les conditions ci-dessus. Les gratifications versées en application de l’article L.124-6 du Code de l’éducation ont alors le caractère de dépenses de personnel au sens du b du II de l’article 244 quater B du CGI.
• Les apprentis, quel que soit leur cycle de formation (Code du travail, art. L. 6221-1).

C’est un point souvent sous-exploité dans les dossiers : les apprentis et stagiaires affectés aux travaux R&D sont éligibles, à condition de documenter leur participation effective.

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3. Les profils particuliers éligibles : ce que beaucoup oublient

Au-delà des chercheurs et techniciens classiques, plusieurs catégories de personnel peuvent être valorisées dans l’assiette CIR — pour peu qu’on connaisse leur régime spécifique.

3.1 Les salariés auteurs d’une invention

Les rémunérations supplémentaires et « justes prix » mentionnés aux 1 et 2 de l’article L. 611-7 du Code de la propriété intellectuelle, versés au profit des salariés auteurs d’une invention résultant d’opérations de recherche, sont inclus dans l’assiette du CIR.

Les inventions concernées :

• les inventions de mission : effectuées par le salarié dans le cadre de son contrat de travail,
• les inventions hors mission attribuables : réalisées par un salarié de sa propre initiative mais dans le cadre de son poste,
• les inventions hors mission non attribuables : n’appartenant pas aux deux catégories précédentes.

3.2 Les dirigeants d’entreprise

Les dirigeants d’entreprise, qu’ils soient salariés ou non, peuvent être assimilés à des chercheurs ou techniciens de recherche s’ils participent effectivement et personnellement aux projets de recherche éligibles au CIR.

Deux conditions à respecter :

• une participation effective et personnelle aux opérations,
• une rémunération déductible du résultat fiscal.

C’est l’un des leviers les plus mal exploités par les dirigeants de PME et de startups deeptech : leur propre temps R&D peut représenter une part significative de l’assiette CIR, sous réserve d’une documentation rigoureuse.

3.3 Le personnel mis à disposition par une autre entreprise

Sont éligibles les personnels de recherche dont l’entreprise n’est pas l’employeur, mais qui sont mis à sa disposition par une autre entreprise ou une association (association de travail en temps partagé, groupement d’employeurs), dans les conditions prévues aux articles L. 8241-1 et L. 8241-2 du Code du travail relatives au prêt de main-d’œuvre à but non lucratif.

Les intérimaires sont également éligibles, à condition d’être des personnels de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D.

Point d’attention important : l’administration fiscale considère généralement que les opérations de prêt de main-d’œuvre à but non lucratif peuvent intervenir uniquement entre sociétés d’un même groupe, dès lors que la facturation s’effectue à prix coûtant. Le prêt de main-d’œuvre à but lucratif et le marchandage sont pénalement sanctionnés.

Règle de calcul : seuls sont pris en compte dans l’assiette du CIR les salaires et charges sociales des personnels concernés, à l’exclusion des frais indirects (frais de gestion de personnel, d’administration générale). Ces frais indirects sont déjà couverts par le forfait de fonctionnement.

3.4 Les fonctionnaires civils dans le cadre d’une convention de concours scientifique

Sous certaines conditions, l’entreprise peut inclure dans ses dépenses de personnel les rémunérations versées à un fonctionnaire chercheur autorisé à apporter son concours scientifique.

3.5 Les titulaires d’un contrat VIE (Volontariat International en Entreprise)

Les volontaires internationaux mis à disposition d’une entreprise dans le cadre des articles L.122-1 et suivants du Code du service national peuvent être qualifiés de personnel de recherche.

Les indemnités VIE (à l’exclusion de tout autre frais), effectivement supportées par l’entreprise — qu’elle les verse directement ou qu’elle les rembourse à l’organisme payeur — sont admises dans l’assiette du CIR, sous réserve des règles de territorialité.

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4. L’exclusion stricte du personnel de soutien

C’est l’un des points les plus contrôlés par l’administration : le personnel de soutien est expressément exclu du champ d’application du CIR.

Qu’est-ce que le personnel de soutien ?

Les activités de soutien sont celles qui :

• ne s’inscrivent pas directement dans les tâches scientifiques et techniques de la R&D,
• ne sont pas réalisées par du personnel qualifié pour la R&D.

Les activités exclues

Concrètement, les activités de soutien excluses du CIR sont notamment :

• les activités administratives (tâches de bureau, services centraux des finances et du personnel),
• les activités de direction (lorsqu’elles ne portent pas directement sur les projets R&D),
• les activités juridiques et réglementaires,
• les activités commerciales,
• le transport et l’entreposage,
• l’entretien et la maintenance (hors équipements R&D),
• la sécurité et la qualité.

Ces dépenses sont déjà couvertes par le forfait relatif aux dépenses de fonctionnement (§ 2.122 du Manuel de Frascati 2015, « activités de soutien indirect »). Les inclure dans le poste personnel constituerait donc un double comptage, rapidement détecté en contrôle.

Sécuriser son poste « dépenses de personnel » : les 5 réflexes à adopter

Pour transformer un poste fragile en poste défendable, cinq pratiques s’imposent.

1. Documenter rigoureusement chaque qualification

Pour chaque personne déclarée, il faut être en mesure de produire :

• les CV et diplômes (pour les chercheurs au sens du diplôme),
• les éléments d’assimilation à un ingénieur par l’expérience (parcours, missions précédentes, niveau d’activité, autonomie technique),
• les éléments d’éligibilité pour les profils particuliers (contrats de mise à disposition, conventions de concours scientifique, contrats VIE).

2. Décrire le rôle précis sur chaque opération de R&D

L’expert MESR doit pouvoir comprendre qui a fait quoi sur quel verrou technologique. Une description générique du type « participation aux projets R&D » est largement insuffisante.

3. Justifier l’affectation directe et exclusive aux opérations de recherche

Pour les profils assimilés (ingénieurs par expérience, intérimaires, personnel mis à disposition), l’affectation directe et exclusive aux travaux R&D doit être démontrée — pas seulement déclarée.

4. Ne jamais inclure le personnel de soutien

Toute activité administrative, commerciale, de direction non-R&D, de maintenance hors équipements R&D doit être strictement exclue. Sa rémunération est déjà couverte par le forfait de fonctionnement.

5. Tracer les heures consacrées par chaque profil à chaque opération

Le découpage projet par projet, et idéalement par verrou technique, est l’un des éléments les plus regardés en contrôle. Un découpage clair, cohérent avec les fiches de paie et les contrats, est ce qui fait la différence entre un poste défendu et un poste redressé.

Conclusion : le poste qui pèse le plus mérite la rigueur la plus exigeante

Les dépenses de personnel ne sont pas un poste comme les autres. Elles représentent en moyenne la moitié de l’assiette CIR, ce qui en fait à la fois le levier d’optimisation principal et le risque de redressement le plus important.

Bien rédigées, bien justifiées, bien rattachées aux opérations de R&D, elles constituent un financement non dilutif majeur pour les entreprises innovantes. Mal qualifiées, elles deviennent le point d’entrée privilégié des redressements en contrôle fiscal.

La bonne question à se poser, projet par projet, profil par profil, n’est donc jamais :

❌ « Cette personne travaille-t-elle dans une entreprise qui fait de la R&D ? »

Mais bien :

✅ « Cette personne, par sa qualification, son affectation directe et exclusive et son rôle précis dans les opérations, peut-elle être valorisée comme chercheur, technicien ou profil assimilé au sens du b du II de l’article 244 quater B du CGI ? »

C’est cette rigueur de qualification, appliquée à chaque profil, chaque année, sur chaque opération, qui sépare un dossier CIR défendable d’un dossier CIR fragile.

Besoin d’auditer la solidité de votre poste « dépenses de personnel » ?

La qualification du personnel R&D, la valorisation des dirigeants, le rattachement précis des stagiaires, apprentis, VIE et personnels mis à disposition, ainsi que l’exclusion stricte du personnel de soutien : autant de sujets techniques qui exigent une expertise rigoureuse pour sécuriser le poste qui pèse le plus dans votre CIR.

Availan Conseil accompagne les entreprises innovantes dans la qualification de leurs équipes R&D, la sécurisation de leur dossier CIR et la défense en cas de contrôle fiscal.